Феногенетический анализ независимой и зависимой дифференцировки // Тр. Ин-та цитологии, гистологии и эмбриологии. 1948. Т. 2. Вып. 1. С. 3-135.
Микрогенетика. М.: Наука, 1965. 427 с.
Открытие химического мутагенеза. Избранные труды. М.: Наука, 1993. 304 с.
Гены, эволюция, селекция. Избранные труды. М.: Наука, 1996. 247с.
Крупные теоретические исследования И.А. Рапопорта периода работы в ИХФ им. Н.Н. Семенова РАН приведены в разделе "Основные даты жизни и деятельности И.А. Рапопорта".
Иосиф Абрамович Рапопорт. Биобиблиография ученых. М.: Наука, 1993.